NGS技術(shù)除了能夠應(yīng)用于產(chǎn)前染色體異常檢測之外，也能進(jìn)行產(chǎn)前單基因遺傳病的檢測。對(duì)于常染色體顯性遺傳病，通過檢測孕婦的血漿胎兒游離DNA有無攜帶致病位點(diǎn)（父源突變、新發(fā)突變）來判斷胎兒是否發(fā)病；對(duì)于常染色體隱性遺傳病也具有提示作用，若父母同時(shí)攜帶不同的雜合突變（先證者為復(fù)合雜合突變），只有在孕婦外周血中檢測到父源突變時(shí)，才需進(jìn)一步行侵入性產(chǎn)前診斷，使進(jìn)行有創(chuàng)產(chǎn)前診斷的孕婦減少了50%若父母攜帶相同致病雜合突變，通過大規(guī)模平行測序或數(shù)字PCR技術(shù)等精確定量胎兒游離DNA濃度，以此來分辨突變來自父源或母源。

除了胎兒游離DNA，母體血液循環(huán)中的游離胎兒細(xì)胞和子宮頸黏液中胎兒脫落的絨毛細(xì)胞檢測聯(lián)合NGS技術(shù)已被成功地應(yīng)用于單基因遺傳病的無創(chuàng)產(chǎn)前診斷。目前基于NIPT的無創(chuàng)產(chǎn)前診斷技術(shù)已成功地應(yīng)用于杜氏肌營養(yǎng)不良癥、脊髓性肌萎縮癥、先天性腎上腺皮質(zhì)增生癥、囊性纖維化、新生兒糖尿病、軟骨發(fā)育不全、苯丙酮尿癥等單基因遺傳病的產(chǎn)前檢測，NIPT檢測單基因遺傳病的應(yīng)用進(jìn)展已有綜述詳細(xì)介紹。

基于胎兒游離DNA的高通量測序的NIPT技術(shù)的發(fā)展，正在迅速改變傳統(tǒng)的產(chǎn)前診斷和產(chǎn)前篩查手段，并在臨床試驗(yàn)中得以證實(shí)。NIPT技術(shù)檢測染色體微重復(fù)和微缺失目前尚存爭議，但美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（ACMG）仍建議NIPT可作為孕9～10周且BMI<40kg/m2孕婦檢出21三體、18三體和13三體染色體非整倍體異常胎兒的一線常規(guī)篩查技術(shù)，也可對(duì)一些常見的染色體微缺失微重復(fù)綜合征進(jìn)行檢測。

然而，該方法作為一種篩查手段存在局限性，高風(fēng)險(xiǎn)孕婦須采用經(jīng)典的羊水胎兒細(xì)胞染色體核型分析或者染色體微陣列分析等確診；且因受胎盤嵌合、母體狀況、孕周等因素影響，易產(chǎn)生假陽性和假陰性等異常結(jié)果。